V okviru stalne razstave so v muzeju na ogled samostanska zbirka, predstavitev starih meniških delavnic, spominska soba zeliščarja p. Simona Ašiča, galerija akademskega slikarja p. Gabrijela Humeka, zbirka sakralne umetnosti, zbirka slovenske ljudske pobožnosti, zbirka sester uršulink in sester hčera krščanske ljubezni, spominska soba misijonarja Friderika Barage, kulturnozgodovinska zbirka in zbirka starin Leopolda Kozlevčarja. Med letom so v muzeju občasno razstave. Muzej pripravlja obsežno razstavo Zgodovina krščanstva na Slovenskem od 4. stoletja do današnjih dni. V sklopu obiska muzeja je tudi ogled cistercijanskega samostana, križnega hodnika, refektorija, samostanske bazilike, vhodnega stolpa in videoprojekcije o zgodovini samostana in duhovnem življenju v njem. Po ogledu lahko obiskovalci obiščejo samostansko trgovino.
Samostanska zbirka
Stiški samostan, ki je bil pobudnik ustanovitve muzeja, je želel javnosti približati del nekdaj skrbno varovanih predmetov in likovnih del, ki so last cistercijanske opatije. Muzeju je odstopil v hrambo bogato samostansko zbirko likovnih del, starin, inkunabul, arhivskih listin, pečatov, liturgičnih oblačil in predmetov.
Zbirka p. Gabrijela Humeka
P. Gabrijel Humek (1907 - 1993), cistercijanski menih in akademski slikar, je po študiju teologije študiral slikarstvo v Krakovu na Poljskem (1937 - 1939), v Zagrebu (1940 - 1941) in v Ljubljani (1945 - 1947). Njegovo slikarstvo je logično, racionalno in obenem fantastično zrcalo umetnikove duše in posega na področje magičnega realizma. Razstavljal je na več samostojnih in skupinskih razstavah. Živel in delal je v cistercijanskem samostanu v Stični. Leta 1994 je izšla monografija o slikarju p. Gabrijelu Humeku in njegovem delu.
Zbirka sester uršulink in zbirka hčera krščanske ljubezni
Zbirki obsegata predmete nabožne vsebine, bogato zbirko starih mašnih plaščev, relikvij, slik in kipov.
Baragova zbirka
Zbirko in bogat arhiv o misijonarju Frideriku Baragi ter o severnoameriških Indijancih je za muzej zbral kanadski duhovnik slovenskega rodu Karel Ceglar. Z njegovo denarno pomočjo je urejena zbirka prišla leta 1991 v Slovenijo. Istega leta sta izšli knjigi Karla Ceglarja Baragiana Collection 1 in 2, kjer je zbrana korespondenca in bibliografija o Frideriku Baragi, ki ju hrani muzej na mikrofilmih. Upamo, da se bo projekt Baragiana nadaljeval na podlagi ohranjenega arhiva, ki ga hrani muzej. V arhivu je zbranih več tisoč v Ameriki izdanih knjig, revij in tiskov, ki govorijo o življenju naših povojnih emigrantov v Ameriki.
Kozlevčarjeva zbirka
Leopold Kozlevčar (1904 - 1988), po poklicu trgovec, doma iz Slovenske vasi pri Šentrupertu na Dolenjskem, je bil zbiralec starin, umetnin in ljudske umetnosti. Zbiral je v obdobju pred 2. svetovno vojno in po njej. Svoje zadnje dni je Kozlevčar preživel v samostanu. V zahvalo za poslednje bivanje v samostanu je zapustil svojo bogato zbirko Ljubljanski nadškofiji z željo, da bi jo hranila Cistercijanska opatija v Stični. Njegova zbirka starin obsega 1400 predmetov, med njimi slike znanih slovenskih slikarjev in slike na steklo.
